En febrero de 1973 Pablo Neruda, por razones de salud, renunció a su cargo de embajador en Francia, y muere en un hospital el 23 de septiembre del mismo año.
Después del golpe militar del 11 de septiembre su salud se agravó y el 19 fue trasladado de urgencia desde su casa de Isla Negra a Santiago, donde murió en la Clínica Santa María a las 22:30 del 23 de septiembre de 1973.
La casa de Neruda en Santiago fue saqueada después del golpe encabezado por el general Augusto Pinochet y sus libros, incendiados. El funeral del poeta fue realizado en el Cementerio General. Al mismo acudieron los miembros de la directiva del Partido Comunista, a pesar de estar perseguidos por el régimen. Aunque los asistentes estaban rodeados de soldados armados de ametralladoras, se escuchaban desafiantes gritos de homenaje a él y a Salvador Allende, junto a la entonación de La Internacional. Después del funeral, muchos de los asistentes que no pudieron huir acabaron engrosando las listas de desaparecidos por la dictadura.
Sus restos descansaron primero en el mausoleo de la familia Dittborn, que les había cedido un espacio, y siete meses después fueron trasladados al nicho 44 del módulo México.35
El 11 de diciembre de 1992, los restos de Neruda y Matilde Urrutia fueron exhumados y llevados para un velatorio ceremonial en el Salón de Honor del ex Congreso Nacional. Al día siguiente se dio cumplimiento al deseo del poeta: que sus restos fuesen enterrados en su casa de Isla Negra. Ese lugar y todas las demás pertenencias son ahora museos administrados por la Fundación Pablo Neruda.
En 2011 un artículo36 recogió declaraciones de Manuel Araya Osorio, asistente del poeta desde noviembre de 1972 hasta su muerte, quien aseguraba que Neruda habría sido asesinado en la clínica tras aplicársele una inyección letal. La Fundación Pablo Neruda desmiente esta información.37 El 31 de mayo, el Partido Comunista de Chile solicitó a la justicia una investigación para determinar las causas de la muerte del poeta.38
En 2013 el juez Mario Carroza, que anteriormente había abierto una investigación para esclarecer las circunstancias de la muerte de Neruda, ordenó, después de 20 meses de interrogatorios y pericias, la exhumación del cuerpo del poeta.39 La Fundación Neruda, que en un principio se oponía a ello por considerarlo una profanación, finalmente lo aceptó declarando confiar en que "el examen tanatológico contribuya a aclarar las dudas que pudieran existir respecto de la muerte del poeta".40 Los preparativos para la exhumación comenzaron en Isla Negra el 6 de abril con la instalación de una carpa en el lugar de su sepultura41 y el 8 se efectuó la diligencia, que duró una hora y dieciocho minutos; ese mismo día los restos de poeta llegaron al Servicio Médico Legal de Santiago, en vistas a análisis a realizar en laboratorios chilenos y extranjeros.42
En noviembre, Patricio Bustos, director del Servicio Médico Legal de Chile, dio a conocer los resultados de los exámenes toxicológicos realizados en Estados Unidos y España, que descartaron que Neruda hubiera sido envenenado y confirmaron que falleció producto de un avanzado cáncer de próstata.43 Sin embargo, Rodolfo Reyes, sobrino del poeta, insistió en que terceras personas están involucradas en la muerte de Neruda y anunció que pedirían nuevas diligencias.44 En 2015, el Programa de Derechos Humanos del Ministerio del Interior de Chile entregó a Carroza un informe redactado por Francisco Ugás Tapia, Rodrigo Lledó Vásquez y Hugo Pavez Lazo —secretario ejecutivo, jefe del Área Jurídica y abogado, respectivamente, de dicho Programa— en el que concluían que "resulta claramente posible y altamente probable la intervención de terceros en la muerte" de Neruda.45 Sin embargo, la Fundación Neruda, a través de su director ejecutivo Fernando Sáez, declaró al respecto que "esta noticia no es ninguna noticia", que se trata de "una presunción de ellos" y que cualquier información fidedigna sobre el fallecimiento del poeta depende ahora de los resultados científicos.464748
Las dudas sobre la causa de la muerte de Neruda persistían debido a que, según se informó en mayo de 2015, especialistas españoles habían encontrado en los restos del poeta el estafilococo dorado,49 una bacteria ajena a los tratamientos del cáncer y que, cuando es alterada, resulta altamente tóxica y puede acelerar la muerte de una persona.Dos laboratorios, uno en Canadá y otro en Dinamarca, iniciaron en febrero de 2016 una serie de peritajes para tratar de determinar si hubo o no alteración del estafilococo.51
La Fundación Pablo Neruda, mientras tanto, había comenzado a pedir desde 2015, después de más de dos años de la exhumación que ordenó el Juez Mario Carroza, la devolución del cuerpo para que pudiera volver a su tumba en el patio de la casa de Isla Negra. Tras la obtención de las muestras necesarias para futuros peritajes, el juez dispuso la reinhumación de los restos del Premio Nobel chileno el tres de marzo de 2016;52 y el reentierro se celebró el 26 de abril de ese año,50 después de que el día anterior se celebrara un funeral popular en el ex Congreso Nacional organizado por Rodolfo Reyes, sobrino de Pablo Neruda. Bernardo Reyes, sobrino nieto y la Fundación criticaron este acto, que contó con la asistencia de artistas y figuras políticas como los entonces presidentes del Senado y la Cámara de Diputados, Ricardo Lagos Weber y Osvaldo Andrade respectivamente. "Nos parece completamente absurdo que de un acto judicial como es la devolución de los restos, cosa que hemos pedido hace un año, se termine haciendo esto", explicó el director ejecutivo la no participación de la Fundación en ese evento.53
El 20 de octubre de 2017, el panel de expertos internacional confirmó que Pablo Neruda no murió de caquexia cancerosa como constaba en su certificado de fallecimiento.5455
Finalmente, después de esperar por varios años los resultados de los estudios a los restos de Neruda, el lunes 13 de febrero de 2023, Rodolfo Reyes anunció en conferencia de prensa que Pablo Neruda fue envenenado, según el nuevo informe de un comité científico internacional conformado por expertos de la Universidad de McMaster (Canadá) y la Universidad de Copenhague (Dinamarca). “La bacteria Clostridium botulinum encontrada en su cuerpo no tendría por qué haber estado en la osamenta de Neruda; esto quiere decir que fue asesinado, que hubo intervención de agentes del Estado”,56 afirmó el sobrino de Neruda en la conferenc